พระราชวงศ์สเปนได้เสด็จลี้ภัยออกนอกประเทศเมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2474 หลังจากการเลือกตั้งเทศบาลได้ทำให้พวกริพับลิกันขึ้นมามีอำนาจตามเมืองใหญ่ส่วนมาก ซึ่งนำไปสู่การประกาศสาธารณรัฐสเปนครั้งที่สอง พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 ทรงหวังว่าการเสด็จออกนอกประเทศอย่างโดยดีอาจจะช่วยป้องกันสงครามกลางเมืองระหว่างพรรคริพับลิกันกับพรรคชาตินิยมได้ พระราชวงศ์ก็ได้เสด็จไปประทับยังประเทศฝรั่งเศสและอิตาลี ต่อมาพระราชินีเอนาและกษัตริย์อัลฟอนโซทรงแยกทางกัน พระองค์ทรงประทับในประเทศอังกฤษบ้างและประเทศสวิตเซอร์แลนด์บ้าง ในปี พ.ศ. 2482 หลังจากสงครามโลกครั้งที่ 2 เริ่มขึ้น พระราชินีเอนาทรงถูกขอให้เสด็จออกจากสหราชอาณาจักร ในฐานะที่มิได้ทรงเป็นสมาชิกในพระราชวงศ์อังกฤษแล้ว พระองค์ได้ทรงซื้อปราสาทหลังหนึ่งคือ Vielle Fontaine นอกเมืองโลซาน

ในปี พ.ศ. 2481 พระราชวงศ์ทั้งหมดได้รวมตัวกันที่กรุงโรมในงานพิธีศีลจุ่มของเจ้าชายฆวน การ์โลสแห่งสเปน พระโอรสองค์โตในเจ้าชายฆวน และเมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2484 พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 ซึ่งทรงรู้สึกว่าพระองค์ใกล้จะเสด็จสวรรคตจึงได้โอนพระราชสิทธิทั้งหมดในราชบัลลังก์สเปนให้แก่เจ้าชายฆวน เคานท์แห่งบาร์เซโลนา พระราชโอรส ต่อมาเมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พระองค์ทรงมีอาการพระหทัยวายเป็นครั้งแรกและเสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2484

พระราชินีเอนาเสด็จกลับยังประเทศสเปนช่วงสั้น ๆ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2511 เพื่อเป็นแม่ทูนหัวในงานพิธีศีลจุ่มของเจ้าชายเฟลิเป พระราชปนัดดาซึ่งเป็นพระโอรสในเจ้าชายฆวน การ์โลสแห่งสเปน (ซึ่งต่อมาคือ สมเด็จพระราชาธิบดีฆวน การ์โลสที่ 1 แห่งสเปน) กับ เจ้าหญิงโซฟีแห่งกรีซและเดนมาร์ก (ต่อมาคือ สมเด็จพระราชินีโซเฟียแห่งสเปน)